Jogou 13 épocas no Benfica, entre 50/51 e 62/63. Fez 514 jogos (482 como avançado centro). Marcou 438 golos, com 46 hat-tricks pelo meio - 34 de 3 golos, 11 de 4 golos e 1 de 5 golos.

Após a conquista da Taça Latina, a 18/06/50, o Benfica iniciou, com o treinador Ted Smith, uma digressão a África.
No 8º jogo dessa digressão, realizado a 19/08/50, a equipa benfiquista defrontou, no Lobito, a selecção desse distrito angolano, em que alinhava um tal de José Águas e que marcou, então, 2 golos ao Benfica.

Uma semana depois, a 25/08/50, em Sá da Bandeira, Águas estreava-se de águia ao peito frente à selecção de Huíla-Lubango, entrando aos 30 minutos de jogo para rubricar um... hat-trick!

Continuaria no Benfica até vencer, como capitão, duas Taças dos Campeões Europeus! Futebolisticamente muito culto, José Águas primava pela inteligência com que se movimentava no ataque, com ou sem bola.

Detinha uma intuição sagaz e era um exímio executante, ora com a cabeça (109 golos) ou com os pés. Para além de ser um grande goleador, também sabia criar jogo, fintando com assinalável mestria. O seu jogo de cabeça era do mais fino recorte.

Os seus golos em suspensão eram frequentes, graças ao extraordinário poder de impulsão que possuía e ao facto de saltar sempre no tempo certo. Internacional em 25 jogos, capitaneou a selecção em 7 encontros, tendo marcado 11 golos.

Foi o homem que recebeu e ergueu as 2 taças dos Campeões Europeus conquistadas pelo Benfica. Venceu 5 Campeonatos Nacionais e 7 Taças de Portugal. Foi 5 vezes o melhor marcador do Campeonato Nacional - 51/52 (28 golos), 55/56 (28 golos), 56/57 (30 golos), 58/59 (26 golos) e 60/61 (27 golos).